TOPBUILDER

Групою розроблено програму TOPBUILDER, яка є квантово-механічним генератором молекулярних топологій. Вона здатна створювати топології лігандів, які використовуються програмою GROMACS для молекулярно-динамічних (МД) розрахунків. Водночас TOPBUILDER контролює інтегровані програми докінгу, квантової механіки та молекулярної динаміки. У наших дослідженнях ця програма працює як елемент комбінованої системи віртуального скринінгу (рис. 1), поєднуючи послідовні етапи молекулярної динаміки та гнучкого докінгу. Оптимізація геометрії лігандів та присвоєння атомних зарядів здійснюється програмою GAMESS. Докінг кожного ліганда з рецептором проводиться з допомогою програм Dock та AutoDock. Для розрахунку молекулярної динаміки рецептора та вибору оптимальних структур для докінгу використовуються пакети GROMACS та AMBER.

Рис. 1 Схематичне зображення системи віртуального скринінгу на базі TOPBUILDER.

 

© ВІДДІЛ КОМБІНАТОРНОЇ ХІМІЇ